屈光手术专科
屈光手术专科是连云港爱尔眼科医院的重点特色专科，专注于各类近视、散光、远视的手术矫正。专科由院长吴良臣主任医师领衔，屈光科主任陈中锋主刀，团队成员均持有全飞秒 SMILE、ICL 晶体植入等术式的官方认证资质，累计完成激光类手术数万例。
科室引进德国蔡司 VisuMax 全飞秒 3.0/4.0 激光角膜屈光治疗仪、美国爱尔康 WaveLight EX500 准分子激光系统，并配备 Pentacam 三维眼前节分析仪、IOL Master 500 光学生物测量仪、TMS-4N 角膜地形图仪、Keratograph 眼表综合分析仪、Heidelberg 血流 OCT 等全套术前检查设备。
可开展全飞秒 SMILE 系列手术、个性化半飞秒、全光塑个性化微飞秒、EVO+ICL V5/TICL 晶体植入、龙晶晶体植入等主流屈光术式，针对高度近视、薄角膜、大瞳孔、高阶像差等复杂情况提供个性化方案，满足不同人群的摘镜需求。
视光与小儿眼病专科
视光与小儿眼病专科由副院长王建平主任医师带领，视光科主任唐青青主治医师主诊，团队深耕儿童青少年近视防控与斜弱视诊疗多年。科室建立了从筛查、建档、干预到随访的完整近视防控体系，为 0 至 18 岁儿童青少年建立屈光发育档案，定期监测眼轴增长与屈光变化。
专科开展标准化医学验光、散瞳检影、角膜塑形镜（OK 镜）及 RGP 硬性接触镜规范化验配、多焦点离焦框架镜验配、低浓度阿托品近视干预、斜弱视系统化康复训练等项目。配备 MRT 多光谱视网膜检测设备、IOL Master 光学生物测量仪、3D 眼轴监测系统、同视机及立体视检测设备，可早期预判近视进展风险，为不同年龄段儿童制定个性化近视控制方案。
综合眼病科
综合眼病科由姜士军主任医师担任科主任、科教科主任，李庭瑞医师参与日常出诊，覆盖白内障、青光眼、眼底病、角膜眼表、泪道病、眼整形、眼外伤等综合性眼病诊疗。姜士军主任曾任连云港市第二人民医院眼科主任，拥有三十余年综合眼病诊疗经验，兼任江苏省医师协会眼科分会委员、连云港市医师协会眼科分会副主任委员等职务。
科室常规开展微创超声乳化白内障手术及多焦点、散光矫正型人工晶体植入；各类青光眼的药物、激光及手术治疗；糖尿病视网膜病变、黄斑病变等眼底病的激光光凝与抗 VEGF 注药治疗；干眼分级诊疗及 IPL 强脉冲光、睑板腺疏通；翼状胬肉、泪道疏通、眼整形美容、眼外伤清创缝合等项目。对于合并高血压、糖尿病等全身基础疾病的复杂眼病患者，科室依托内科门诊与麻醉科支持，保障围手术期安全。
医学检验科
医学检验科承担全院门诊及住院患者的临床检验工作，为术前评估、感染筛查、慢性病管理提供准确、及时的检验数据。科室配备全自动生化分析仪、全自动血液分析仪、凝血检测设备等，可开展血常规、尿常规、肝肾功能、血糖、凝血功能、感染性疾病筛查等常规检验项目。
检验科严格执行室内质控与室间质评制度，确保检验结果的稳定性与可比性。在眼科围手术期，科室与麻醉科、内科门诊协同，对拟行白内障、屈光、玻璃体手术等患者进行术前常规化验，及时发现贫血、凝血异常、血糖偏高等影响手术安全的因素，为手术排期与用药调整提供依据。
特检科
特检科是连云港爱尔眼科医院重要的辅助诊断科室，集中配置各类眼科专项检查设备，为屈光手术、白内障、青光眼、眼底病、小儿眼病等临床科室提供精准的影像与功能学检查数据。
科室主要开展以下检查项目：Pentacam 三维眼前节分析、IOL Master 光学生物测量、TMS-4N 角膜地形图、Keratograph 眼表综合分析、Heidelberg 血流 OCT、欧堡超广角眼底照相、眼部 B 超、UBM 超声生物显微镜、眼底血管造影、同视机与立体视检查、3D 眼轴监测、MRT 多光谱视网膜检测等。
特检科由经过规范培训的技师团队操作，检查结果直接对接临床医生。无论是近视手术前的二十余项专项评估，还是儿童青少年的眼轴与视网膜筛查，抑或青光眼、眼底病患者的长期随访监测，特检科都能提供完整、可追溯的检查数据支撑。